Sin embargo, tras ser aconsejado por sus asesores militares, especialmente Erich Raeder,[9]​ decidió el bombardeo de Almería, al ser esta una ciudad sin defensas militares de importancia y para evitar un gran eco internacional.

A las 7:29 de la mañana abrieron fuego contra las instalaciones portuarias y cualquier barco que se encontrase en el puerto, incluyendo un pequeño submarino, aunque su principal objetivo era el Jaime I, que había partido hacia Cartagena para unas reparaciones.

Posteriormente, las baterías de costa delataron su posición al intentar repeler sin éxito el ataque, por lo que pasaron a ser un nuevo blanco.

[11]​ Al revés de lo sucedido semanas antes en Guernica con los aviones de la Legión Cóndor, los buques alemanes en ningún momento ocultaron su nacionalidad, ni pretendieron actuar como apoyo subordinado al bando sublevado, sino como fuerza naval que ejecutaba órdenes directas del III Reich.

[12]​ Sin duda, aquello podía provocar una guerra mundial, reconoció, pero el riesgo valía la pena.

Los nacionalistas vascos y catalanes también se opusieron a la idea, pues no deseaban una internacionalización del conflicto.

El PCE también opinó en contra, en tanto la URSS no estaba dispuesta a entrar en guerra contra Alemania solo por causa de España; el propio presidente Manuel Azaña rechazó el proyecto, temiendo que ocasionase solo más muertes y destrucciones en suelo español.

Por ello, en 1937 fueron construidas para refugio de la población unas galerías subterráneas, diseñadas por el arquitecto Guillermo Langle.

[22]​ El poeta chileno Pablo Neruda dedicó un pasaje en su obra España en el corazón, titulado Un plato para el obispo, a recordar la masacre de este bombardeo.