Durante los años siguientes, Naudé continuó enriqueciendo la biblioteca con adquisiciones, tanto en Francia como en los países vecinos.

La biblioteca llegó a contar, hacia 1648, con 40 000 volúmenes aproximadamente, lo que la convirtió en la más importante colección de Europa en aquel entonces.

La Poterie consigue con bastante éxito su propósito al recuperar las obras salvadas por Naudé, volviendo a comprar la biblioteca personal de este y retomando su metodología.

Deseando imitar a su predecesor Richelieu y evitar que su biblioteca fuera nuevamente dispersada después de su muerte, Mazarino decide dejarla en herencia al Colegio de las Cuatro Naciones, que funda por testamento en 1661, destinado a la educación de sesenta jóvenes originarios de las cuatro provincias reunidas en el reino bajo su mandato (Alsacia, Flandes, Rosellón y Pignerol).

La biblioteca, reabierta en 1689 en el ala oriental del edificio construido para albergar el colegio, acoge durante todo el siglo XVIII a colegiales, visitantes extranjeros y público erudito, al mismo tiempo que sigue enriqueciendo sus colecciones hasta contar, a finales del siglo XVIII, con más de 60 000 volúmenes.

Durante la Revolución Francesa, la biblioteca Mazarino se mantuvo activa por su carácter público (Mazarino indicó en su testamento que la biblioteca debería permanecer abierta al público).

La biblioteca continúa comprando libros, manuscritos y está especializada en disciplinas históricas.

La biblioteca organiza visitas guiadas gratuitas, destinadas solamente a particulares.