Dos años más tarde fue nombrado rector del seminario tarraconense y en 1802 comenzó a enseñar la Sagrada Escritura, pero interrumpió la docencia muy pronto porque en 1805 fue nombrado canónigo en la colegiata del real sitio de San Ildefonso, de la que era abad su tío Félix Amat, arzobispo titular de Palmira.

Gregorio XVI le nombró también prelado doméstico y asistente al solio pontificio.

Por consiguiente, nada había en contra de él ni tampoco existían excepciones canónicas para excluirlo, aunque no faltaron quienes se opusieron a su promoción al episcopado porque pesaba negativamente sobre su persona la actuación política que había tenido en Barcelona durante el Trienio Liberal (1820-1823); por ello, desde Roma se le exigió una retractación de sus errores.

En 1823 se publicó su traducción de la Biblia, basada en los textos traducidos por el jesuita padre José Petisco, por lo que en algunas ediciones modernas se ha añadido en la portada su nombre al de Torres Amat.

Destacan las revisiones del P. Luis Robello CSSR, Felipe Ramos osb, y la de Ed.