Bernardo Bonavía y Henríquez nació en Castilla, España, en 1745.
Sirvió luego como instructor de cadetes y profesor de matemáticas, y fue ascendido a capitán en 1776.
En 1803 fue reemplazado por Antonio Leal de Ibarra, pero se hizo cargo nuevamente del puesto durante los períodos 1804-1805 y 1806-1809, cuando fue reemplazado por Gerardo Bordas.
Al producirse la Revolución de Mayo de 1810, se le adeudaban aún los sueldos acumulados durante su gobierno en las Malvinas.
En 1811 se negó a reprimir el movimiento patriota de Prudencio Murguiondo y Juan Balbín González Vallejo, por lo que fue separado de su cargo, detenido, remitido preso a España y condenado a muerte, pero a consecuencias de la invasión napoleónica pudo escapar y refugiarse en la ciudad de Buenos Aires.