Profundamente divididos, con escaso numerario, y temiendo represalias de los comuneros dentro de sus feudos, se limitaron a establecer guarniciones en algunos lugares estratégicos, tras lo cual licenciaron la mayor parte las tropas y regresaron a sus dominios.

Sin embargo, los nobles comandados por el conde de Haro rechazaron tomar la iniciativa.

Tan solo se limitaron a impedir el avance del enemigo y cortar sus líneas de comunicación ocupando pueblos como Mota del Marqués, San Pedro de Latarce, Castromonte o Torrelobatón.

[3]​ Por un lado, el regente Adriano y sus colaboradores insistían en que se debía llevar a cabo un ataque rápido y fulminante contra los comuneros; estaban convencidos de que sus tropas eran muy superiores a las de los rebeldes.

Los nobles, por otro lado, veían esta postura muy arriesgada por cuanto el enemigo se hallaba sólidamente atrincherado en Villabrágima y porque, además, los viñedos de la orilla izquierda del río Sequillo constituían un terreno intransitable para la caballería, en la que se basaban fundamentalmente sus fuerzas, pero uno perfecto para la infantería de los rebeldes.

[3]​ Sobre todo, los señores temían provocar una mayor reacción antiseñorial en sus dominios si se enfrentaban abiertamente a los comuneros.

[3]​ Con el paso de los días los enfrentamientos verbales entre ambas partes se volvieron particularmente duros.

La situación se mantuvo hasta el 2 de diciembre, cuando el ejército rebelde comenzó a abandonar sus posiciones en Villabrágima y tomó dirección a Villalpando, localidad del condestable que se rindió al día siguiente sin oponer resistencia.

Tan solo hubo algunas escaramuzas en Villagarcía,[nota 2]​ pero Castromonte, Peñaflor y Torrelobatón cayeron sin dificultad.

[13]​ Si nos basamos en las afirmaciones del secretario real Lope Hurtado, el bando realista sufrió tan solo cincuenta bajas, entre muertos y heridos.

El cronista Pedro de Alcocer cree que efectivamente Girón traicionó a los comuneros: Pedro Mejía también considera probable esta teoría pero prefiere no lanzar una afirmación categórica al respecto: El obispo e historiador Prudencio de Sandoval, por su parte, ofrece dos explicaciones al problema.

Por el contrario, se avino a presentarse en Valladolid, nueva capital del movimiento, para continuar la lucha; una actitud que difícilmente encajaría con la de un traidor.

Si finalmente se decantaron a esta última opción, no fue porque les resultaba la más interesante sino porque las exhortaciones del cardenal Adriano, ante una situación tan favorable, impedían de facto cualquier otro movimiento.

Además, debilitó numéricamente a la Santa Junta, pues Soria y Guadalajara no volvieron a enviar representantes y trece diputados fueron hechos prisioneros durante la batalla:[31]​ Cuando el 15 de diciembre la Junta reanudó sus sesiones en Valladolid —nueva capital del movimiento— solo diez ciudades se hallaban representadas en ella: Toledo, León, Murcia, Salamanca, Toro, Segovia, Cuenca, Ávila, Zamora y Valladolid, aunque días más tarde se sumaron los de Madrid.

Girón había renunciado y Antonio de Acuña no tardó en retirarse a Toro.

En febrero, incluso Juan de Padilla, quien había defendido este plan en todo momento, reconoció que un destacamento realista en Simancas hacían muy problemática la operación.

Lo más conveniente hubiese sido marchar sobre Valladolid, pero en lugar de eso, simplemente colocaron guarniciones en lugares estratégicos: Simancas, Torrelobatón, Castromonte etc.

Junto al almirante, que no ocultaba su odio hacia el Consejo Real, se agruparon los partidarios de una solución negociada al conflicto; los defensores de la mano dura, por otro parte, se concentraron del lado del condestable.