[4] Es por su lealtad a la reina Juana, la hija de los Reyes Católicos, a los que debe el encumbramiento de su padre y sus pretensiones nobiliarias, lo que le lleva a ponerse del lado de los comuneros.
[7] Aunque comunero convencido, tras la caída de Tordesillas resultó sospechoso para los más exaltados.
[10] Sin atender a las protestas del Consejo Real, así se acordó con el beneplácito del virrey, el cardenal Adriano de Utrecht, quien le ofreció luego su apoyo.
En octubre de 1521 pidió al Consejo de Órdenes que retrasara la apertura del proceso hasta que el propio emperador Carlos V resolviese, y en diciembre los tres virreyes escribieron al emperador pidiéndole que Quintanilla quedase libre de todos los cargos.
Alabando su intervención y la de su hijo en la guerra contra la invasión francesa de Navarra, para la que en junio de 1521 se le había permitido movilizar un pequeño ejército con el que rehabilitarse, los virreyes aducían en su defensa que si había permanecido en Medina tras estallar el conflicto lo había hecho por mantener el orden, y que cuando vio que sus esfuerzos eran inútiles no pudo dejar la villa por temor a las represalias de los rebeldes, aunque finalmente, decían, se había determinado a hacerlo «tres meses antes que Juan de Padilla fuese desbaratado».