En la batalla de San Miguel combatieron las tropas del Ejército Aliado Protector de la Ley dirigido por Francisco Morazán y las tropas del ejército federal dirigidas por el brigadier Manuel Arzú.Durante las elecciones presidenciales centroamericanas de 1825, había ganado el conservador hondureño José Cecilio del Valle pero la fracción liberal del Congreso federal decidió que no había habido mayoría absoluta y escogió a Manuel José de Arce y Fagoaga como Presidente para el período 1825-1829.[1] No obstante, el general Arce al mando del Ejército Federal derrotó a los salvadoreños en la Batalla de Arrazola.Es así como Morazán surge como el líder del movimiento liberal y llegó a ser reconocido por sus habilidades militares en toda América Central.El brigadier Manuel Arzú al ver que no pudo vencer a las tropas de Francisco Morazán fingiendo enfermedad regresó a Guatemala dejando sus tropas bajo el mando del coronel Antonio de Aycinena.Esta acción permitió que los sitiados de San Salvador derrotaran a los atacantes.
