[4]​ Al retirar sus navíos del Helesponto a Samos, los atenienses pudieron restablecer su superioridad naval en el mar Egeo,[5]​ pero esto posibilitó que Esparta cambiase el teatro de guerra.

Pese a que debieron regresar debido a una tormenta, poco después llegaron al Helesponto 10 barcos al mando del general megarense Helixo,[6]​ donde iniciaron revueltas en Bizancio, provocando su defección,[7]​ y en Calcedonia y otras ciudades importantes.

El plan espartano era colocarse contra el flanco derecho ateniense y atrapar a la flota en el Helesponto al mismo tiempo que el centro de la formación era empujada hacia tierra.

Mientras tanto, Trasíbulo pudo lograr que el flanco derecho evitase ser rodeado al externder su línea hacia el oeste; pero este movimiento lo hizo perder contacto con el centro de la formación.

Los siracusanos del flanco derecho, viendo huir al resto de su flota, abandonaron su ataque sobre la izquierda ateniense y también emprendieron la fuga.

Forzados a luchar bajo términos establecidos por sus enemigos, en una época cuando la ciudad carecía de recursos para construir una nueva flota, los atenienses pudieron haber perdido la guerra ese día en Cinosema.