El arquitecto Alonso González, inspirándose en la catedral de Sevilla, concluyó parcialmente la iglesia en el 1550.
[2] En la segunda mitad del siglo XVI, en el lado sur fue construido el sector del claustro, con las celdas de los canónicos; otro ejemplo se encuentra en la Catedral de Salamanca en España.
La catedral contiene un vasto tesoro artístico constituido con retablos, cuadros (entre ellos una tabla de la Virgen de la Altagracia datada en 1523), ebanistería antigua, mobiliario, monumentos y lápidas funerarias, entre otros objetos.
Formaba parte del coro bajo, desmantelado a finales del pasado siglo para colocar el monumento de mármol en que se guardaron los restos de Cristóbal Colón.
El entorno de la catedral está formulado en tres espacios independientes, al norte la Plaza de Armas, el atrio almenado es como una antesala que marca el ingreso principal al conjunto religioso.
Los anexos alrededor del patio permiten un pasaje llamado Callejón de Curas.