Balaena es en la actualidad un género monotípico, ya que solo abarca a una única especie viva, la ballena boreal (B. mysticetus).Los especialistas ha recategorizado repetidamente a las tres poblaciones de ballenas francas y la ballena boreal como una, dos, tres o cuatro especies, bien en un solo género o en dos géneros separados.Eventualmente se reconoció que las ballenas boreales y las francas eran de hecho diferentes.[2] Incluso ya en 1998, Dale Rice, en su comprehensiva y por lo demás autorizada clasificación, Marine mammals of the world: systematics and distribution, solo registró a dos especies: Balaena glacialis (la ballena franca) y Balaena mysticetus (la boreal).[3] Los estudios del ADN realizados por Rosenbaum en 2000, y por Churchill en 2007 finalmente proveyeron evidencia clara de que hay tres especies vivas de ballenas francas que conforman un linaje filogenético, distinto del de la boreal, y que las ballenas francas y boreales deben ser clasificadas en dos géneros distintos.
