Finalmente se centró en Kldekari en el Kwemo Kartli, cuyo duque Rati continuó retando la autoridad real y gobernando bastante independientemente.
David fue asesinado por su nobles en 1000, y sus posesiones, según el acuerdo anterior, pasaron al emperador bizantino Basilio II.
En esta ocasión, Bagrat fue investido con el título bizantino de kouropalates y Gurgen con el de magistros, títulos contradictorios ya que la dignidad conferida al hijo era más preciada que aquella concedida al padre.
Esto fue hecho por el emperador, según las crónicas georgianas, para poner a Gurgen en contra de Bagrat, pero cometió un grave error de cálculo: "ya que Gurgen era sincero y veraz, y [Basilio] no podría incitar la envidia en su corazón y [Gurgen] no sucumbió a la trampa [de Basilio]."
Más tarde ese mismo año, Gurgen intentó tomar los territorios del Kuropalates David por la fuerza, pero tuvo que retroceder ante el comandante bizantino Nicéforo Urano, dux de Antioquía.
Bagrat rechazó esta incursión y, en alianza con el rey armenio Gagik I (989–1020), peleó contra la ciudad shaddádida de Shamkir, recaudando tributo.
Ansioso por crear una monarquía más estable y centralizada, Bagrat eliminó o al menos redujo la autonomía de los príncipes dinásticos.
Sus hijos consiguieron huir a Constantinopla, pero Sumbat y Gurgen murieron en cautividad en 1012.
Bagrat III murió en 1014 en el castillo Panaskerti en Tao y fue enterrado en la catedral de Bedia.