Austrolebias nubium fue descrita originalmente en el año 2021 por los ictiólogos brasileños Luis Esteban Krause Lanés, Matheus Vieira Volcan y Leonardo Maltchik.
[1] Etimológicamente el nombre genérico Austrolebias se construye con las palabras Austro: 'austral' y Lebias: un taxón de pequeños peces.
Austrolebias nubium pertenece al subgénero Acrolebias.
También se relaciona a A. araucarianus y A. carvalhoi, ambas especies también habitan en el planalto de las Araucarias pero en latitudes menores.
[1] La zona presenta pendiente correspondiente a la alta cuenca del río Taquari-Antas, perteneciente a la hoya hidrográfica del Alto río Yacuí, que se incluye en la pendiente de la laguna de los Patos, la cual descarga en el océano Atlántico sudoccidental.