Tras una escandalosa disputa con el príncipe elector, abandonó Hanau y pasó a estar al servicio del duque de Sajonia-Meiningen, mientras que su mujer se hospedó donde su cuñado, el párroco en Eschersheim.
En 1812 el archiduque Karl Theodor von Dalberg lo convocó a Fráncfort del Meno para nombrarlo allí caballerizo mayor.
Cambió su lugar de residencia a la ciudad, pero mantuvo sus tierras en Rödelheim.
Durante su tiempo, la Polytechnische Gesellschaft fundó ocho instituciones hijas, entre ellas, la Frankfurter Sparkasse von 1822, en 1837, la Frankfurter Stiftung für Blinde und Sehbehinderte (Fundación de Fráncfort para los ciegos y discapacitados visuales) y en 1846 die Wöhler-Stiftung zur Ausbildung junger Leute für den Gewerbe- und Handelsstand (Fundación Wöhler para la formación de jóvenes en las profesiones comerciales), precursora de la actual institución denominada Berufsschule.
Igualmente, la calle Wöhlerstraße, ubicada al oeste del centro de la ciudad, se denominó así en su honor.