A. orbitoangulatus fue descrito inicialmente por el paleontólogo alemán Friedrich von Huene en 1932, quien lo consideró como una especie del dinosaurio terópodo Halticosaurus.
Se cree que Apatosuchus es un miembro basal del clado Loricata.
Apatosuchus es de tamaño más reducido que otros loricatos basales como Teratosaurus y Batrachotomus.
[1] Un análisis filogenético desarrollado por Sues & Schoch (2013) encontró que Apatosuchus es el taxón hermano del clado formado por Batrachotomus y los loricatos más derivados.
[1] Prestosuchus Saurosuchus Apatosuchus Batrachotomus Fasolasuchus Crocodylomorpha Rauisuchus Polonosuchus silesiacus Postosuchus kirkpatricki Postsuchus alisonae