A Torrubia le parecieron tan interesantes que emprendió la búsqueda de más restos en los alrededores.

[6]​ A partir de las rocas, plantas, minerales y fósiles recogidos durante sus viajes, más el conocimiento paleontológico que atesoraba después de múltiples lecturas sobre ese tema, publicó en el año 1754 el Aparato para la Historia Natural Española.

[6]​ Los primeros quince capítulos del Aparato están dedicados a la descripción de los restos fósiles que Torrubia estudió en Filipinas, en las provincias españolas en América y en España.

En la lámina XIII la ilustración 5 aparece descrita como «dos piezas de ramas petrificadas»; en realidad ese ejemplar se correspondía con una icnita, posiblemente Cruziana.

[8]​ En cuanto al origen orgánico de los restos fósiles, José Torrubia escribió:[15]​

Esta tesis ya había sido defendida entre otros por Conrad Gesner, Fabio Colonna, Nicolás Steno, John Ray y Robert Hooke.

[22]​ Benito Jerónimo Feijoo creía que los continentes estaban unidos al mar mediante galerías subterráneas, y este hecho, unido a «movimientos peristálticos» de la tierra, podían explicar que en las montañas más altas aparecieran restos de organismos marinos.

[25]​ Torrubia consideraba en el Aparato que las grandes diferencias morfológicas existentes en los organismos fósiles hallados en el continente y los animales que habitaban los mares cercanos solo se podían explicar si los primeros habían sido transportados desde lugares lejanos.