Los nombres amonio y aminio también son nombres para las aminas sustituidas protonadas o cargadas positivamente, y los cationes amonio cuaternario N+R4, donde uno o más átomos de hidrógeno son reemplazados por grupos alquilo (que pueden ser simbolizados como R).

El ion amonio resultante es un ácido conjugado comparativamente fuerte, y reacciona con cualquier base, regenerando la molécula de amoníaco neutra.

el catión tetra-n-butilamonio son usados algunas veces para reemplazar a los iones sodio o potasio e incrementar la solubilidad global de los compuestos en solventes orgánicos, basados en los principios HSAB.

Un ejemplo de una reacción que forma un ion amonio es la que hay entre la dimetilamina, (CH3)2NH, con un ácido para producir el catión dimetilaminio, (CH3)2NH2+: Los iones amonio son un producto tóxico de desecho del metabolismo en los animales.

[4]​ El amonio es tóxico para los humanos en altas concentraciones, y puede causar daños en la mucosa que recubre los pulmones, o quemaduras alcalinas.