Nacido en Burgos, España, Salazar se sintió atraído desde la juventud por el mar y los viajes de exploración.

Durante el viaje murieron, entre otros, el capitán García Jofre de Loaisa y Juan Sebastián Elcano.

Se anticiparon así 55 años al pirata Francis Drake, y es por ello que en España se llama mar de Hoces al que los anglosajones y latinoamericanos conocen como «pasaje de Drake».

En la travesía del Pacífico las naves fueron separadas y de la San Lesmes ya nunca más se supo, aunque Salazar ya no viajaba en ella sino en la nave capitana.

Su corta jefatura se debió al escorbuto, que causó estragos en la expedición y les costó la vida a la mayoría de los tripulantes y la pérdida de las naves.