En la discusión de la sentencia y sobre todo en la posterior revisión del caso ordenada por el Consejo de la Suprema Inquisición destacó por su oposición a dar credibilidad a las teorías sobre brujería.

Su exhaustivo memorial enviado a la Suprema constituyó la base para que la jurisprudencia inquisitorial española fuera escéptica sobre la realidad de la brujería y que fuera muy reticente a aceptar las denuncias por ese tema.

Accedió al Santo Oficio en 1609, incorporándose en julio de 1610 al tribunal de Logroño, donde los inquisidores Alonso Becerra Holguin y Juan del Valle Alvarado ya tenían abierto un gran proceso por brujería en el que se mostraron mucho más intolerantes que Salazar.

Así, tras la revisión a fondo del caso ordenada por el Consejo de la Suprema Inquisición, Salazar se arrepintió completamente de la sentencia que él también había firmado al considerar que se había cometido una "terrible injusticia".

En 1614 la Suprema Inquisición promulgó unas "instrucciones" o criterios de obligado cumplimiento, que seguían fielmente las recomendaciones dadas por Salazar y que formaron la base de la jurisprudencia posterior en la materia.

Este proceso sin duda influyó para desatar la fiebre al sur de la frontera.

Salazar y Frías se destaca como un faro del racionalismo y así fue reconocido por autores posteriores, principalmente por el folklorista danés Gustav Henningsen, que en 1980 publicó su extensa obra The Witches' Advocate ("El abogado de las brujas"), considerada una de las mejores obras sobre brujería en España.

Guiado por las orientaciones de la Suprema, recoge in situ, como el antropólogo, información empírico-substantiva.