Algunos estudios identifican Alicún con el romano Acatucci y de ahí al nombre visigodo Agatucia para en la Edad Media evolucionar al árabe andalusí al-liqum que significa fuente termal.

Lo estudios arqueológicos señalan que el actual enclave del municipio ha estado habitado desde la prehistoria.

Se han hallado restos pertenecientes al Neolítico, la cultura del Argar, iberos, la Hispania romana y árabes y castellanos en la Edad Media.

Esta hipótesis se apoya en que es el itinerario descrito en varios episodios históricos.

La población permanece en época emiral al convertirse se en un hisn importante de la zona.

En el siglo IX es una de las poblaciones en auge, como Baza y Orce y en detrimento de las antiguas poblaciones hispano romanas que se abandonaron en este periodo.

Contaba con cuarenta y tres vecinos y era de señorío ya estaba bajo la jurisdicción del II Conde Guadiana, que también era Señor de Lopera.