Valignano se unió a la Compañía de Jesús en 1566, y fue enviado al Lejano Oriente en 1573.

Se destacó como estudiante en la Universidad de Padua, donde estudió teología cristiana.

Su imponente presencia sólo se incrementó en toda su altura inusual, lo suficiente como para "llamar la atención en Europa y atraer a las multitudes en Japón."

Valignano formó una estrategia básica para el proselitismo católico, que normalmente se llama "adaptacionismo".

Puso el avance de la superior influencia jesuita agregándose a la conducta cristiana tradicional.

Trató de evitar fricciones culturales al hacer un compromiso con las costumbres locales que otros misioneros vieron entrar en conflicto con los valores católicos.

[3]​ En conjunto, los dos se convertirían en los primeros eruditos europeos de China y su idioma.

En 1581 escribió Il Cerimoniale per i Missionari del Giappone (La ceremonia para la misión en Japón) para establecer las directrices para los jesuitas.

Además, sus instrucciones detalladas sobre usos y costumbres indican que su comprensión de la cultura japonesa era sólo superficial.

Como fue ordenado por el superior general, dedicó esfuerzos para fomentar sacerdotes japoneses.

En su primer arribo a Japón Valignano estaba horrorizado por lo que consideraba que, al menos, por negligencia las peores prácticas, abusivas y poco cristianas por parte del personal de la misión.

Cuando llegué por primera vez a Japón, la nuestra (la multitud por lo general sigue al líder), no mostró ningún cuidado para aprender las costumbres japonesas, pero en el entretenimiento y en otras ocasiones fueron continuamente aumentando en ellos, argumentando en contra de ellos, y expresando su preferencia por nuestros propios caminos a la gran desilusión y disgusto de los japoneses".

[4]​ Cuando Cabral había trabajado para excluir a los japoneses de ir más allá de hermanos en la Compañía de Jesús, Valignano insistió en que fueran tratados por igual a todos los europeos y mientras los seminaristas japoneses aprendería latín para uso sacramental, el visitador observaba que se los europeos son los que deben aprender las costumbres japonesas y no al revés.

Ellos fueron cuidadosamente diseñados para combinar, en la medida de lo posible, las sensibilidades japonesas con la ideología europea.

Por último, pero aún más importante, la cultura japonesa no considera la vida religiosa como algo totalmente separada de la vida secular en el sentido de que los jesuitas entendían.

Todas las instituciones jesuitas: los seminarios, las escuelas, las imprentas y las misiones requerían dinero para ser financiadas.

Esta violación de la práctica eclesiástica no pasó desapercibida por los líderes de otras misiones europeas en la zona, o por aquellos que se ganan la vida a través del comercio interasiático.

Valignano hizo un llamamiento al papa, diciendo que iba a renunciar a todo el comercio en cuanto los 12,000 ducados necesarios para cubrir sus gastos anuales fueran remitidas por otra fuente.

En 1600, la misión jesuita estaba en declive debido a la persecución del Kanpaku Toyotomi Hideyoshi y después, más severamente, bajo los Tokugawa.

Más tarde, a los daimyo y los plebeyos se les ordenó seguir las mismas restricciones.

En 1636, Tokugawa Iemitsu promulgó la Sakoku edicto que terminó con casi todo contacto con el mundo exterior.

[8]​ A los barcos japoneses se les prohibió salir del país bajo pena de muerte, así como cualquier japonés que intentara regresar del extranjero sería igualmente ejecutado.

Envió a Europa cuatro nobles jóvenes japoneses, dirigidos por Mancio Ito.