En 1297 sucedió a su padre Juan II al trono de emperador de Trebisonda y permaneció así hasta su muerte en 1330.

Quedó bajo el cuidado de su tío, el emperador bizantino Andrónico II Paleólogo.

Este quería casarle con la hija del alto funcionario de la corte Nicéforo Choumnos, pero Alejo se casó sin permiso con la princesa ibérica, Jiajak Jaqeli, hija del atabeg de Mesjetia, Beka I Jaqeli, alrededor de 1300.

Andrónico apeló a la Iglesia para anular el matrimonio, pero el Patriarca rehusó, alegando que la joven esposa ya estaba embarazada.

[1]​ En 1311, Alejo II se alió con el emir de Sinope contra los genoveses y en 1313 los atacó pero fue derrotado y tuvo que hacer la paz, que fue renovada en 1316.