Era el hijo más joven del emperador Manuel I y su tercera esposa, Irene Siricaina,[1] una noble trapisondesa.
Juan sucedió en el trono a su hermano Jorge que fue traicionado por sus arcontes en el monte de Taurezion.
[3] Juan es el primer gobernante de Trebisonda conocido por tener más que unos pocos incidentes e insinuaciones, ya que existe información suficiente para componer una narración relacionada con la primera parte de su reinado.
La primera venía de su hermano Jorge, que había vuelto a Trebisonda, e intentó, sin éxito, recuperar el trono.
La siguiente, de su media hermana Teodora, que le depuso en 1284, para gobernar por poco tiempo.