Teodora Comnena (en griego: Θεοδώρα Μεγάλη Κομνηνή, Theodōra Megalē Komnēnē; antes de 1253-después de 1285) fue emperatriz de Trebisonda de 1284 a 1285.

Fue una hija del emperador Manuel I de Trebisonda con su segunda esposa, Rusudan, una princesa georgiana.

[1]​ En 1284, con la ayuda del rey georgiano de Imereti, David VI Narin logró apoderarse de la corona de su medio hermano, el emperador Juan II.

[2]​ Poco después fue derrotada y Juan recuperó su trono, pero había logrado reinar el tiempo suficiente para haber acuñado sus propias monedas.

[3]​ Ya sea antes o después de su corto reinado, Teodora profesó como monja.