[1]​ El alcalde es elegido cada cinco años por voto popular.

La Alcaldía de Panamá está a su vez descentralizada en 26 corregimientos locales cada una de las cuales tiene sus propios representantes locales.

El Primer Alcalde Mayor fue Don Hernando De Celaya.

Dada su importancia estratégica en el comercio y la economía en la América española, Panamá se convirtió en un objetivo codiciado por países europeos a través de Corsarios, Piratas y Filibusteros por la enorme riqueza de bienes, así como el oro y la plata proveniente de Sudamérica rumbo a España.

La Corona española ordena al nuevo Capitán General y Gobernador Antonio Fernández de Córdoba y Mendoza el traslado de la ciudad a un nuevo emplazamiento más fácil de defender, acción que se realiza en enero de 1673, al sitio del Ancón donde se encuentra actualmente, siendo esta la misma ciudad fundada en 1519 a orillas del Océano Pacífico.