En 1895, junto con su primo, el coronel Antonio Vega Muñoz, participó en muchísimos enfrentamientos entre las fuerzas liberales y conservadoras, formando ambos parte de la segunda de entre ellas.El 25 de agosto subió al poder el general Eloy Alfaro, quien desterró a Muñoz Vernaza a Chile, en donde se quedó hasta 1899.De vuelta al Ecuador, volvió a una vida más tranquila, pues la guerra ya había terminado.Bajo órdenes del general Eloy Alfaro, Muñoz Vernaza fue a defender la frontera junto con muchos soldados nacionales, antes de ser atacados por el Perú.En 1912, Federico Malo Andrade tuvo la iniciativa de fundar el primer banco en Cuenca.
Busto de Muñoz Vernaza en las calles Muñoz Vernaza y Padre Aguirre en la ciudad de Cuenca Ecuador
