Esta doctrina le permitió a Japón obtener sus metas estratégicas durante los primeros seis meses de la Guerra del Pacífico.

Al siguiente mes sus aviones bombardearon Darwin en Australia y asistieron en la conquista de la Indias Orientales Neerlandesas.

Cuando fue obvio que el Akagi no podría ser salvado fue hundido por destructores japoneses para evitar su caída en manos del enemigo.

[11]​ La cubierta de vuelo superior tenía una ligera pendiente desde la mitad del buque hacia tanto la proa como la popa para ayudar con los aterrizajes y los despegues a los aviones de ese tiempo que tenían poca potencia en sus motores.

[18]​ El cinturón blindado en la línea de flotación del Akagi fue reducido desde 254 a 152 mm (milímetros), y fue posicionado más abajo que lo originalmente diseñado.

[23]​ En esa época la doctrina del Armada Imperial Japonesa estaba aún en sus etapas iniciales de desarrollo.

En este rol, los aviones del Akagi tenían que atacar a los acorazados enemigos con bombas y torpedos.

Estas debilidades se revelarían más tarde como factores cruciales en el hundimiento de esta nave.

Una lección aprendida en China fue la importancia de la concentración y masa en la proyección del poder aéreo naval hacia las zonas costeras.

[39]​ La doctrina japonesa dictaba que todos los grupos aéreos de los portaaviones no deberían ser lanzados en un único ataque masivo.

En la primera ola, 27 bombarderos torpederos Nakajima B5N "Kate" del Akagi torpedearon a los acorazados Oklahoma, West Virginia y al California mientras que 9 cazas Mitsubishi A6M Zero de la nave atacaron la base aérea de Hickam Field.

La Primera División de Portaaviones atacó al día siguiente las posiciones aliadas cercanas a Kavieng, donde el Akagi contribuyó con 9 A6M Zeros y 18 D3A.

Ocho buques fueron hundidos, incluyendo al destructor estadounidense USS Peary y catorce más fueron dañados.

Este grupo fue muy exitoso, hundiendo ocho buques en el puerto que existía allí y no se perdió ningún avión del Akagi.

Luego el Kido Butai zarpó en dirección hacia la Bahía Staring en las Islas de Célebes para reabastecerse y recuperarse.

Más tarde en ese día, 17 D3A pertenecientes al Akagi ayudaron a hundir los cruceros pesados británicos Cornwall y Dorsetshire.

Sin embargo, no lograron localizar a los portaaviones estadounidenses ya que estos se habían alejado inmediatamente en dirección de Hawái.

Otro, ya sea intentando un ataque suicida, incapaz de seguir volando debido a daño de combate, o a un piloto incapacitado, no se estrelló por poco contra el puente Akagi donde se encontraba Nagumo, cayendo finalmente al mar.

[69]​[Nota 5]​ A las 07:55, llegó el siguiente ataque estadounidense proveniente desde Midway en la forma de 16 bombarderos en picado SBD-2 Dauntless del escuadrón VMSB-241 pertenecientes a la Infantería de Marina bajo el mando del mayor Lofton R.

[73]​ Aproximadamente al mismo tiempo, los portaaviones japoneses fueron atacados por 12 B-17 Flying Fortress pertenecientes a la USAAF, quienes los bombardearon desde una altura de 6.100 metros.

Sin embargo, dichos preparativos fueron interrumpidas a las 09:18 cuando fueron avistados los primeros aviones atacantes provenientes de los portaaviones estadounidenses.

Los 15 aviones estadounidenses fueron derribados cuando intentaban atacar con torpedos al Soryū, dejando solo un aviador sobreviviente flotando en el agua.

[79]​ Poco después atacaron 14 Devastator del escuadrón VT-6 pertenecientes al portaaviones estadounidense Enterprise, comandados por Eugene E. Lindsey.

Los aviones liderados por Lindsey trataron de emparedar al Kaga, pero la patrulla aérea de combate, reforzada por 8 Zero adicionales lanzados por el Akagi a las 09:33 y 09:40, derribó a 10 aviones estadounidenses, y el Kaga pudo evadir los torpedos.

[84]​ 28 de los bombarderos en picado del Enterprise, liderados por Clarence Wade McClusky, comenzaron un ataque contra el Kaga, impactándolo con al menos cuatro bombas.

Aproximadamente a las 10:26, los tres bombarderos atacaron al Akagi impactándolo con una bomba de 450 kg (kilogramos) y fallando por poco con las otras dos.

Este impacto provocó diversas explosiones en medio de los bombarderos torpederos B5N que estaban siendo preparados para realizar un ataque aéreo contra los portaaviones estadounidenses, iniciando grandes incendios.

[85]​[Nota 8]​ Mitsuo Fuchida, líder del grupo de bombardeo fue gravemente herido al incendiarse su avión B5N2 en cubierta durante el ataque.

Se le reasignaron labores administrativas del estado mayor naval en Tokio y de enlace.

[96]​[Nota 11]​ A las 04:50 del 5 de junio, Yamamoto ordenó que el Akagi fuera hundido, diciendo a su estado mayor: "Una vez fui el capitán del Akagi, y con sincero pesar ahora debo ordenar que sea hundido".