Tras esto, fue ascendido a Alférez de Fragata en 1910 y asignado al crucero Asama.

En su regreso a Japón, Nagumo sirvió como capitán de diferentes buques, entre ellos el crucero pesado Takao y el acorazado Yamashiro.

Esto le llevó a recibir muchas críticas por su cerrado criterio, falta absoluta de iniciativa y arrojo, principalmente porque muchos militares japoneses sentían que Nagumo no había puesto el máximo empeño durante la batalla.

Tras su desastrosa organización en Midway, Nagumo fue relevado por Yamamoto al mando de la 3.ª Flota en julio, compuesta por buques obsoletos y/o dañados como menosprecio.

En este lapso comandaría la flota durante las batallas de las Salomón Orientales en agosto, y las islas Santa Cruz en octubre.

(*) En el film Rengō Kantai Shirei Chōkan: Yamamoto Isoroku (película de 2011), se representa a Nagumo (Takeo Nakahara) como un oficial antagonista con el almirante Yamamoto (Kōji Yakusho) y leal al primer ministro Hideki Tōjō.