Su gobierno ocurrió durante la Década Infame, denominada así por la alta corrupción y fraude electoral que la caracterizó.
Fue elegido en las elecciones de 1931, apoyado por la dictadura militar gobernante y los sectores políticos que integrarían poco después la Concordancia.
Egresado como ingeniero civil en la UBA en 1903, junto a una camada caracterizada por una sólida formación cultural y profesional; entre ellos, Pablo Nogués, Antonio Arenales Uriburu, Enrique Mosconi, Ricardo Silveyra y Alonso Baldrich, un decreto gubernamental homologó su título al de ingeniero militar en 1904.
La enorme influencia del cargo le ayudó a tejer contactos en los medios políticos, así como en los castrenses.
No se sumó a su dirección ni, en una primera instancia, al grupo gobernante, que encabezaría Uriburu con un gabinete compuesto, en buena parte, por los adalides locales de las multinacionales petrolíferas, que habían sido finalmente los ideólogos del golpe de Estado.
Rechazó la vicepresidencia que Uriburu le ofreciera, y aceptó solo brevemente comandar las fuerzas armadas, renunciando poco más tarde.
Además, buscaba un orden constitucional lo más rápido posible y evitar el proyecto de Uriburu.
La Convención Nacional Demócrata, bajo la presidencia de Cevallos, votó la fórmula Agustín Justo/Julio Argentino Roca (hijo) ante el desaire de los radicales antipersonalistas; convirtiendo al general Justo en el «candidato bígamo», como se le denominó en adelante.
Además de la convulsión política debida al golpe, debió hacer frente a los resultados de la Gran Depresión, que puso en crisis el modelo agroexportador orientado hacia Inglaterra vigente desde mediados del siglo XIX.
El primer impuesto sobre la nafta sirvió para financiar la recién creada Dirección Nacional de Vialidad.
Por la crisis económica de 1929, Justo apostó por una nueva política, similar a la que aplicó en los Estados Unidos de América el presidente Franklin D. Roosevelt, que consistió en estimular el gasto público mediante inversión en infraestructura.
Alvarado continuó su tarea durante la siguiente presidencia con Roberto M. Ortiz a cargo de Poder Ejecutivo Nacional.
En diciembre, ante una asonada similar del teniente coronel Atilio Cattáneo, Justo decretó el estado de sitio, volvió a encarcelar al anciano Yrigoyen, y detuvo también a Alvear, Ricardo Rojas, Honorio Pueyrredon y otros líderes del partido.
En 1933 hubo alzamientos radicales en Buenos Aires, Corrientes, Entre Ríos y Misiones, que se saldaron con más de mil detenidos.
a desobedecer la abstención electoral decretada por el Comité Nacional ante la proscripción de la fórmula Alvear-Güemes en 1932.
Varias huelgas jalonaron las deliberaciones, en especial en la provincia de Santa Fe, que acabó siendo intervenida por el gobierno central.
En un hecho espectacular, de la Torre logró el arresto del gerente del frigorífico Anglo, quien se había negado a facilitar a la justicia datos fundamentales para la investigación y llevaba una doble contabilidad.
La prensa sugirió que la razón del hecho habría sido la relación de Valdés con Duhau y Pinedo.
Bordabehere fue enterrado tres días más tarde, acompañado de un enorme cortejo fúnebre.
Ese mismo año viajaría al exterior, algo inusual en la época para los mandatarios, a encontrarse con Getúlio Vargas en Brasil, intentando estrechar los lazos comerciales con el país vecino.
La reticencia argentina a la intervención estadounidense había llevado al gobierno a distanciarse de la Comisión de Neutrales que intentaba mediar en la Guerra del Chaco, en la que Paraguay y Bolivia se hallaban enfrentados.
Sin embargo, Bolivia presentó una serie de reservas, observando lo que consideraba un indebido favor hacia la posición paraguaya.
Solo en 1935 pudo formarse un grupo mediador, en el que participaron los Estados Unidos además de los miembros del ABCP y Uruguay.
Ese mismo año se realizó el primer censo industrial, que fijó en 600 000 la cantidad de trabajadores ocupados en la actividad.
Las primeras grandes empresas argentinas comienzan a cobrar importancia, como Di Tella, que fabricará electrodomésticos y automóviles.
El triunfo de Manuel Fresco en Buenos Aires fue visiblemente orquestado, y en Córdoba fue imposible evitar la elección del radical yrigoyenista Amadeo Sabattini pese a los sangrientos incidentes que jalonaron la votación.
La nueva conducción, en apoyo a los trabajadores de la construcción, declaró el primer paro masivo en años.
La Concordancia les opuso la candidatura del radical antipersonalista Roberto M. Ortiz y el conservador Ramón Castillo.
En septiembre se realizaron las elecciones en las que los incidentes, con muertos y heridos en numerosos distritos provinciales, así como la intervención policial contra los fiscales de la oposición, fueron frecuentes.
Su desaparición frustró las negociaciones entre los radicales, socialistas, comunistas y demócratas progresistas para constituir un frente electoral que enfrentase a los conservadores, con el apoyo del Ejército y de otros sectores de las Fuerzas Armadas.