Años más tarde sería la Secretaría General de la Armada.

[1]​[12]​ En 1952 se le transfirió el Observatorio Orcadas en la Antártida Argentina, originalmente perteneciente al Ministerio de Agricultura.

[1]​[13]​ En 1941 se creó en la órbita del ministerio la Flota Mercante del Estado, a la que en 1949 se incorporó la Flota Argentina de Navegación de Ultramar.

En 1953 se creó Astilleros y Fábricas Navales del Estado (AFNE), empresa integrada por el Astillero Río Santiago y por la Fábrica Naval de Explosivos Azul (FANAZUL).

[15]​ Su sede desde 1949 se ubicó en el cruce de la Avenida Eduardo Madero y la calle Cangallo (hoy Tte.

Originalmente en 1938, los arquitectos Enrique Lopardo, Néstor Pastrana, y Héctor Campini estudiaron construir en las proximidades un edificio simétrico al del Ministerio de Guerra (Edificio Libertador), destinado al Ministerio de Marina.

En 1968 sería asignada al Ministerio de Cultura y Educación de la Nación, y en 1978 fue transferido a la Prefectura Naval Argentina, tomando el nombre Edificio Guardacostas.