La AESAN está encabezada por el presidente, quien es al mismo tiempo el secretario general de Consumo y Juego, actualmente Andrés Barragán Urbiola.

Desde la consagración en la Constitución Española del derecho a la protección de la salud, las distintas administraciones han desarrollado numerosa legislación con el objetivo de cumplir con tal mandato.

Asimismo, la agencia poseía un Director Ejecutivo, quien complementaba al Presidente en la gestión del organismo.

[7]​ En 2011 las Cortes Generales aprobaron la nueva Ley de Seguridad Alimentaria y Nutrición.

[9]​ La reforma más profunda que ha sufrido la agencia desde su creación acaeció en 2014.

[12]​ En agosto de 2022 se aprobó un nuevo estatuto, que actualizaba el anterior.

Desde 2002, éstos han sido los presidentes: * El anómalo incremento del presupuesto entre 2015 y 2018 se debe a la fusión entre la AEMPS y el Instituto Nacional del Consumo.