Los orígenes del aeropuerto se remontan a 2002, cuando se constituyó la sociedad Aeropuertos de la Región de Murcia (Aeromur), formada por el Grupo Fuertes, Cajamurcia y la CAM, entre otras, y promovida por la comunidad autónoma.

[7]​ Tuvo que asumir esta deuda en 2013 tras la ejecución del aval, además de sufragar los casi 22 000 euros diarios necesarios para el mantenimiento de las instalaciones pese a no estar aún en funcionamiento.

[6]​ Los retrasos en la apertura provocaron que Aeromur pidiera una prórroga del aval por un año.

[6]​ Al ver que no aparecía otro concesionario para el aeropuerto, la comunidad devolvió el contrato a Aeromur en febrero de 2014.

En abril de ese año, Ramón Luis Valcárcel dimitió como Presidente regional, pasando a ocupar su puesto Alberto Garre.

En noviembre dimitió el consejero de Obras Públicas, Manuel Campos, que se oponía al nuevo concurso, ocupando su cargo Francisco Bernabé.

En 2016, Sacyr reclamó daños y perjuicios a la comunidad autónoma por la finalización del contrato, por lo que se paralizó el concurso.

Sin embargo, en julio del año siguiente el Tribunal Administrativo Central de Recursos Contractuales desestimó el último recurso presentado contra el proceso de licitación, por lo que el nuevo concurso quedó desbloqueado.

[6]​ En octubre de 2017, Jaime García-Legaz fue nombrado presidente de Aena, y en diciembre la empresa pública quedó como adjudicataria del concurso, al retirarse las demás compañías en el último momento.

Por lo tanto, se mantiene el nombre oficial sin la referencia a Juan de la Cierva.

El servicio lo prestaba la empresa Interbus, con los horarios adaptados a las salidas y llegadas de los vuelos.

Un total de 217 912 pasajeros en 2812 operaciones transitaron por el aeropuerto, lo que supuso un descenso del 80 % y 64,7 %, respectivamente, en comparación con 2019.

[23]​ Por otro lado, se establecieron dos nuevas rutas que no operaban previamente en San Javier.

Una de ellas fue Asturias, operada por Volotea, aerolínea que estudia conexiones con Galicia, Cantabria, Baleares y Canarias.

Para el año 2022, Vueling únicamente operó la ruta a Bilbao de junio hasta septiembre.

Easyjet dejó de volar a Londres Southend, quedando así Gatwick como único aeropuerto londinense con conexión directa.

Otras aerolíneas también operan vuelos para turoperadores, en concreto Ryanair Sun a Varsovia.

Entre los destinos de estos vuelos se encuentran Berlín, Châlons-en-Champagne, Lille o Madeira.

Además, aerolíneas como Iberia Express, han mostrado su interés en operar desde el nuevo aeropuerto.