Esta situación se mantuvo incluso durante la Primera Guerra Mundial en la cual siempre mostró una fuerte oposición al mariscal Piłsudski y sus planes de establecer un ejército nacional polaco.

La tensión llegó a tal punto que durante el sínodo de obispos en Gniezno el propio Sapieha exigió la salida del legado papal, afirmando que: El legado apostólico en Polonia no olvidaría este insulto ni siquiera cuando fue elegido papa.

Durante todo su pontificado, Pío XI se negaria a concederle la dignidad cardenalicia al príncipe-obispo polaco.

Sin embargo, su única intervención política destacada fue una declaración de repudio por el asesinato del presidente Gabriel Narutowicz en 1922.

Al año siguiente, y debido la incompatibilidad de su carrera política con el ministerio eclesiástico, renuncia a su curul en el senado.

Con el exilio del cardenal Hlond en Francia, el príncipe-arzobispo Sapieha se convirtió en la principal autoridad eclesiástica en Polonia.

Luego, obligado por las autoridades ocupantes entrega las llaves de Wawel al gobernador general Hans Frank.

Aun cuando sus llamados a un trato más justo para los polacos fueron desoidos, el príncipe-arzobispo Sapieha se convirtió en un símbolo de resistencia.

Es en este seminario clandestino en el cual Karol Jozef Wojtyla cursaría su carrera al sacerdocio hasta su ordenación de manos del propio príncipe-arzobispo Sapieha en 1946.

Su funeral, celebrado en la catedral Wawel, se convertiría en una demostración política de oposición al nuevo régimen.

El actor James Cromwell lo representa en la miniserie de la CBS sobre el papa Juan Pablo II del 2005.