[1]​ Cuando regresó a Polonia, fue ordenado sacerdote por Lambert Suła, el entonces obispo de Cracovia.

[1]​ Estanislao criticaba mucho los crueles castigos del rey polaco Boleslao II el Temerario y tuvo varios conflictos en materia del propiedades y terrenos.

Sin atreverse siquiera a tocarlo, la leyenda relata que Boleslao mismo tomó su espada y asesinó a Estanislao mientras celebraba una misa el 11 de abril de 1076.

Como castigo, Boleslao aplicó una medida común en esa época, la de descuartizar el cuerpo sin vida del Santo, el cuerpo del cual, milagrosamente, luego de ser colocado en su ataúd, se rehízo y recuperó su gracia.

El asesinato generó disturbios e inestabilidad en Polonia, tras lo cual, Boleslao se vio forzado a huir a la corte de su primo, el rey San Ladislao I de Hungría.