En 1912 Mościcki pudo volver al Imperio ruso y se instaló en Lemberg, enseñando fisicoquímica y electroquímica en el Instituto Politécnico de la ciudad, donde permaneció a lo largo de la Primera Guerra Mundial, salvo un intervalo cuando huyó a Polonia durante la Guerra Polaco-Soviética.

En el rol de presidente, Mościcki se subordinó plenamente a las ideas políticas del mariscal Piłsudski, sin mostrar oposición alguna y colaborando lealmente con el régimen Sanacja impuesto desde 1926.

Sólo en mayo de 1935, tras la muerte del mariscal Piłsudski, sus seguidores se diviideron en tres facciones: una apoyando a Mościcki como sucesor natural de Piłsudski, otra apoyando al general Edward Rydz-Śmigły para este rol, y otra sosteniendo como candidato rival al primer ministro Walery Sławek.

Ansioso que fuerzas polacas siguieran la guerra contra el Tercer Reich, Mościcki aceptó renunciar a su cargo el 30 de septiembre en suelo rumano tras presiones de Francia, designando como sucesor al exmilitar Władysław Raczkiewicz para dirigir el gobierno polaco en el exilio.

En diciembre de 1939 Mościcki fue liberado por las autoridades rumanas y marchó a Suiza, donde vivió durante la Segunda Guerra Mundial.