El São Caetano era considerado en Brasil un equipo menor hasta antes de participar en la Copa João Havelange en 2000.
Entró al torneo en el Módulo Amarillo, equivalente a la Segunda División del Campeonato Brasileño.
Durante la Copa João Havelange, el equipo consiguió el segundo lugar del Módulo Amarillo, cayendo ante el Paraná.
[4] En 2004, el club conquistó su único título estadual hasta el momento, el Campeonato Paulista, bajo la dirección técnica de Muricy Ramalho.
El año para São Caetano no había comenzado bien, a pesar del fichaje de Rivaldo, ya que finalizó penúltimo en el Campeonato Paulista y descendió al Campeonato Paulista A2 (Segunda división del Estatal de Sao Paulo).
En 2014 se repitió el bajo nivel mostrado la temporada anterior, salvándose de caer a la Serie A3 del Campeonato Paulista, en la última fecha.