Sin embargo, el club sufrió dos descensos de categorías seguidos en 2005 y 2006.

[5]​ En 1991 Paysandu obtuvo por primera vez el Campeonato Brasileño de Serie B, logrando llegar a la Serie A,[5]​ obteniendo el último lugar en esa categoría al año siguiente pero por una extensión de los participantes pudo mantenerse para finalmente descender en 1995 tras ser 23.° entre 24 equipos.

Su principal adversario futbolístico es el Clube do Remo, con el cual disputa el clásico Re-Pa, el cual es considerado como una de las mayores rivalidades regionales en el fútbol brasileño.

[6]​ La indumentaria oficial, compuesta por una camiseta de líneas verticales celestes y blancas, pantalón y medias celestes, fue diseñada por Hugo Leão, el primer presidente del club en 1914.

[5]​ El escudo está compuesto por dos estrellas amarillas que representan los dos títulos de Serie B, un pie alado que representa que la fuerza del club no puede ser alcanzada por otros y la bandera de Pará, representando a la Copa de Campeones 2002.