[2][5] Al inicio de la Segunda Guerra Mundial, la unidad era una de las pocas que contaban con aviones modernos, el bombardero Vickers Wellington, volando desde la base de la RAF en Honington; el Wellington, más tarde, dio paso al Avro Lancaster, con el que la unidad completó sus misiones más famosas.
El Tirpitz había sido trasladado a un fiordo en el norte de Noruega, amenazando a los convoyes aliados del Ártico; de allí se trasladó más al norte, solo para ser atacado por vía aérea desde el Reino Unido.
Este barco ya había sido atacado, primero por un pequeño submarino clase X, perteneciente a la Royal Navy, y posteriormente un segundo ataque nació desde un portaaviones de la Fleet Air Arm, de la Royal Navy.
Este fiordo se encontraba al alcance de los bombarderos que operaban desde Escocia.
Después de la guerra, los Lancaster fueron reemplazados por aviones Avro Lincoln hasta 1952, cuando el escuadrón fue re-equipado con bombarderos jet English Electric Canberra.
[6][7] El 9.º escuadrón, reformado en agosto de 1982, es el primer escuadrón operacional del mundo en usar aviones Tornado, operando en la base de la RAF en Honington, con el Tornado Panavia GR1, otra vez equipado con bombas nucleares WE.
Los escuadrones 3°, 9°, 31.º y 617.º contribuyeron con aviones Tornado GR4, asentándose en la base aérea en Ali Al Salem, Kuwait.
Sin embargo, un periodista estadounidense integrado con la unidad del ejército estadounidense que manejaba la batería de Patriot dijo que "los Patriots del ejército identificaban equivocadamente un avión amistoso como misiles enemigos".
Desde enero hasta abril de 2010, el escuadrón participó en la Operación Herrick, asentado en la base aéres en Kandahar, en Afganistán.