La 25.ª Flotilla Aérea, compuesta principalmente por bombarderos con base en tierra, cazas y aviones de reconocimiento, informaba a la 11.ª Flota Aérea.
La flotilla, bajo el mando del contraalmirante Sadayoshi Yamada, se desplegó en Rabaul, en Nueva Bretaña, el 29 de marzo de 1942.
Desde esta ubicación, la unidad apoyó las operaciones militares japonesas en las campañas de Nueva Guinea y las Islas Salomón.
Durante estas campañas, la unidad fue reforzada con aviones de otras flotillas (concretamente del 2.º Grupo Aéreo y 3.º Grupo Aéreo).
La unidad sufrió grandes pérdidas en combates aéreos sobre Guadalcanal.