La Ecuarunari funge como el principal representante social de la población indígena andina ecuatoriana, además ejerce una gran influencia sobre el Movimiento de Unidad Plurinacional Pachakutik, el cual es su representante político en los procesos electorales.
La población indígena fue históricamente marginada de la política ecuatoriana, es así que a inicios del siglo XX, se empiezan a organizar en pequeñas agrupaciones, asesorados por el Partido Socialista Ecuatoriano y el Partido Comunista del Ecuador.
Tras aquella reunión, que duró tres días, se fundó la Ecuador Runakunapak Rikcharimuy (Ecuarunari), con la intención de aglutinar a las comunidades indígenas de la región Sierra del Ecuador.
Dicha organización se fundó en base en las nuevas corrientes ideológicas dentro de la Iglesia Católica, surgidas de la II Conferencia General del Episcopado Latinoamericano y el Concilio Vaticano II.
El carácter clerical se evidenció en la presencia de sacerdotes como asesores en las organizaciones provinciales.