[1] Cuando se fundó el Nea Salamina Famagusta, Grecia ingresaba en un período de guerra civil entre la izquierda y la derecha.
[4][5] A inicios de 1947, un grupo de Famagusta (que incluía izquierdistas, socios y no socios del GSE y del Anorthosis) concluyó que había espacio para otro club deportivo en la ciudad.
[4][7][8] Esto fue seguido por la suspensión indefinida de cinco atletas del APOEL (Lympouris, Tsialis, Gogakis, Xatzivasileiou y Christodoulou), quienes fundaron el AC Omonia Nicosia en junio de 1948 con otros exmiembros del APOEL.
[8][10][11] La nueva federación organizó ligas y copas,[12] lo cual atrajo a miles de aficionados.
Lo intentaron durante tres años para convencer a la KOP de aceptarlos como miembros, sin éxito.
La situación creó dificultades económicas, obstaculizando el desarrollo y la mejora del fútbol chipriota.
[2][15][16][17] Los clubes sentían que los deportes debían reflejar la fraternidad y la amistad en lugar de la discriminación.
La liga rechazó las solicitudes del Alki, Orfeas y Neos Asteras (aunque los dos primeros se unieron un año más tarde),[18] argumentando que de acuerdo a su constitución un equipo debe participar en la Primera División de Chipre y dos equipos en la Segunda División.
[20][21] Después de haber sido negado el acceso al estadio GSE, el club no tenía un lugar para entrenar.
En un principio practicaron en el campo del San Lukas (Proodou) en Famagusta[14][22] y comenzaron los esfuerzos para construir un estadio de propiedad privada.
El estadio Ammochostos, propiedad del Nea Salamina en Lárnaca, tiene una capacidad de 5.000 asientos y se utiliza principalmente para el fútbol.
[30] Los colores del club durante sus dos primeros años fueron el amarillo y el carmesí,[30][31] cuando formó parte de la KEPO.
Nea Salamina fue el primer equipo, aún permaneciendo en la segunda división, que se clasificó para las semifinales de la copa chipriota.
Tras luchar en la segunda división, eliminó al futuro campeón, el APOEL Nicosia FC, por 1–0, en el estadio GSP.
[42] Los primeros años del equipo en primera divisió vieron victorias contra equipos grandes como el APOEL FC, EPA Larnaca, Anorthosis Famagusta, Pezoporikos Larnaca y el AC Omonia Nicosia, jugando en casa y también en el estadio contrario.
[41] Durante los primeros años de la década, el Nea Salamina fue fuerte en los partidos en casa, pero débil afuera.
[52][53] La mejor defensa de la liga, que había permitido quince goles en diecinueve partidos, no logró impedir seis en un solo juego.
Esta derrota afectó la moral en la final de Copa con el rival Apollon Limassol que, aunque fue favorecido, el equipo perdió 4 a 2.
[52][54] Durante este período el Salamina tenía la mejor defensa en la liga, con 21 goles en 20 partidos (un récord del equipo).
Aunque los miembros del consejo no estaban seguros de si el Nea Salamina debía jugar (debido al problema de los refugiados) decidieron participar para que el equipo pudiera permanecer en la Primera División y seguir con vida.
Muchas veces los aficionados en sus partidos excedieron en número a los de los equipos que competían en la primera división.
[71] El equipo terminó cuarto en la temporada 1988/89, habiendo perdido la participación en la final por los subsiguientes ganadores AEL Limassol FC.
Durante este periodo, el jugador Nigel Maknil del Nea Salamina fue nombrado máximo goleador de la liga, con 19 goles.
[75] La semana antes de la final, muchos aficionados viajaron a Chipre desde el extranjero para asistir al juego.
[82][14][85] Las formaciones del Nea Salamina en los dos partidos fue: Christakis Christofi, Artemis Andreou, Kipros Tsigkelis, Elissaios Psaras, Floros Nikolaou, Kenny Dyer, Pambis Andreou, Takis David (reemplazado por Stavros Efthymiou en el minuto 68), Nigel Maknil (reemplazados por Christakis Mavros en el minuto 85), Elias Elias y Vangelis Adamou (local),[84] y Yiannakis Ioannou, Andreas Artemis, Kipros Tsigkelis, Elissaios Psaras, Floros Nicholaou, Kenny Dyer, Vangelis Adamou, Mavros Christakis, Nigel Maknil (reemplazado por Pambis Andreou en el minuto 47), Elias Elias y Vassos Mavros (visitante).
Al final de la primera ronda estaban en primer lugar,[86][87] en última instancia terminaron terceros.
[89] Durante la primera década del siglo XXI, el Nea Salamina descendió cuatro veces.
La temporada 1999/00 vio al equipo terminar en el cuarto lugar, ganando un puesto en la Copa Intertoto de la UEFA 2000.
El Nea Salamina regresó al estadio Ammochostos para la temporada 2005/06, terminando otra vez en sexto lugar.
en el estadio Ammochostos, derrotándolos 6 a 0; fue el primer partido entre clubes griegos y turcos chipriotas en 50 años.