Sobresalió por sus notas extraordinarias: en casi todas las asignaturas, sobresaliente y matrícula de honor.Severo Ochoa, que llegaría a ser premio Nobel de Medicina, y que entonces era condiscípulo de Arrupe, confesaría más tarde: «Pedro me quitó aquel año el premio extraordinario».Murió su padre en 1926 y poco después, decidió hacer un viaje a Lourdes con sus hermanas.Diría: «Sentí a Dios tan cerca en sus milagros, que me arrastró violentamente tras de sí».Al cabo de un mes fue puesto en libertad, debido a la admiración que provocó su buen comportamiento, dedicado a una intensa práctica de la oración e introspección, y su conversación con carceleros y jueces.Al mirar por la ventana, se dio cuenta de que aquello no era un bombardeo más, sino algo nuevo y terrible.Con él se inclinó la Compañía hacia corrientes renovadoras, con un enfoque centrado en los pobres y la justicia social.Participó en la última sesión del Concilio Vaticano II, como miembro de la Comisión para los Religiosos.Esta apuesta por la justicia llevaría al asesinato de varios jesuitas en Latinoamérica, entre ellos Rutilio Grande y años más adelante a Ignacio Ellacuría, con sus asistentas domésticas y compañeros de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas.El 26 de agosto el papa Juan Pablo II nombró un delegado personal, un interventor, para atender al gobierno de la Compañía en la persona del padre Paolo Dezza.A su funeral en la Iglesia del Gesù de Roma asistió una inmensa multitud.En la sesión se dio lectura al acto jurídico, por parte del notario Dott.Slawomir Oder (delegado legal) y Giuseppe D'Alonzo (el «promotor de justicia»).
Monumento a Pedro Arrupe en la Universidad de Deusto, Bilbao
