El Departamento de Misuri fue un escalón de mando del Ejército de los Estados Unidos en el siglo XIX y una subdivisión de la División Militar de Misuri que funcionó durante las Guerras Indias .
Tras la exitosa conclusión de la guerra mexicano-estadounidense , la administración del ejército de los Estados Unidos estaba teóricamente dirigida, bajo la dirección del presidente de los Estados Unidos, por el secretario de guerra y el general en jefe . En la práctica, el secretario de guerra y los jefes de las agencias del estado mayor del ejército, que le reportaban directamente (ayudante general, intendente general, comisario general, inspector general, pagador general, cirujano general, ingeniero jefe, coronel de ingenieros topográficos y coronel de artillería), ejercían plena autoridad, dejando al general en jefe como una figura decorativa. A falta de una dirección central, la política y la estrategia eran desarrolladas de facto por los comandantes de los departamentos geográficos numerados y los tres cuarteles generales de división. Después del 31 de octubre de 1853, el escalón de división fue eliminado y los seis departamentos occidentales se consolidaron en cuatro (departamentos de Texas , Nuevo México , Oeste y Pacífico ), cuyos comandantes de departamento empleaban a sus tropas como mejor les parecía. El sistema regresó a seis departamentos en 1858 cuando se creó el Departamento de Utah en enero y el Departamento del Pacífico se dividió en los Departamentos de California y Oregón en septiembre.
La actividad militar que afectaba a un departamento a menudo se originaba en otro departamento, lo que impedía el uso eficiente de la mano de obra limitada y la coordinación de esfuerzos. La fricción entre los secretarios de guerra y los generales en jefe, y en particular entre Jefferson Davis y Winfield Scott , obstruyó las reformas en el sistema de personal que podrían haber traído unidad de mando y control civil del ejército . La expansión del ejército durante la Guerra Civil vio una proliferación en el número de departamentos geográficos y sus distritos subordinados, a menudo cambiando de nombre y áreas bajo su control individual, algunos departamentos eliminados o renombrados, solo para ser recreados nuevamente en forma alterada.
El Departamento de Misuri surgió de la reorganización y disolución del Departamento del Oeste el 9 de noviembre de 1861, después de que Abraham Lincoln despidiera a John C. Frémont cuando no quiso rescindir su orden de emancipar a los esclavos de Misuri e imponer la ley marcial en el estado. David Hunter sirvió brevemente como el último comandante del Departamento del Oeste. El nuevo departamento incluía Misuri , Arkansas , Illinois , Kentucky al oeste del río Cumberland y, en ocasiones, Kansas . Se fusionó brevemente con el Departamento de Misisipi en 1862, pero se recreó el 19 de septiembre, y ahora consta de Misuri, Arkansas, Kansas y el Territorio Indio . Colorado y Nebraska se agregaron el 11 de octubre de 1862, y el departamento pasó a ser conocido generalmente como el Departamento de Misuri. De 1862 a 1865, el departamento se ocupó principalmente de luchar contra los confederados en Misuri y Arkansas.
El Departamento de Kansas fue creado por tercera vez el 1 de enero de 1864, eliminando áreas importantes de la jurisdicción militar del Departamento de Missouri. El nuevo comandante del Departamento de Kansas, el mayor general Samuel R. Curtis , tenía dos distritos (Colorado y Nebraska) completamente involucrados en la guerra india, pero Curtis estaba absorbido por la lucha contra los confederados en el territorio indio y los bushwhackers en Kansas, lo que permitió que sus otros distritos, particularmente Colorado, tuvieran autonomía completa. El gobernador John Evans y el comandante del distrito de Colorado, el coronel John M. Chivington, aprovecharon esta falta de supervisión para atacar agresivamente las aldeas cheyennes en abril de 1864, lo que provocó una importante guerra india en julio de 1864. Curtis creó un nuevo Distrito del Alto Arkansas para librar la guerra, pero fue completamente incapaz de localizar a sus oponentes. En su otro Distrito de Nebraska, la guerra fue aún más intensa, pero las fuerzas allí eran demasiado débiles para lidiar con ella.