Tras debutar se hizo de la titularidad y al final terminó el torneo con 11 participaciones.Para el siguiente torneo regresó con Monterrey a petición de Miguel Herrera, director técnico del equipo regiomontano.[4] Tuvo su segunda participación 10 jornadas después, en el empate a un gol contra el Club Necaxa.[5] Disputó la titularidad de la portería con Christian Martínez durante 3 años hasta que este último no fue inscrito para el Apertura 2009.[14] El torneo Clausura 2016 terminó como subcampeón al perder la final como local ante el Club de Fútbol Pachuca.[19] Disputó su primer liguilla con el equipo durante el Torneo Clausura 2017, donde fue eliminado en cuartos de final por el Deportivo Toluca.[28] Un mes después, Jesús Corona fue suspendido de la selección y Orozco fue llamado en su lugar para participar en la Copa Oro.[34] Ese mismo año participó en su tercera Copa Oro,[35] fue suplente y logró el título del torneo al derrotar en la final a Jamaica.[39] Un año después es nuevamente convocado, ahora por Gerardo Martino, para dos partidos amistosos contra las selecciones de Chile y Paraguay,[40] pero debido a una lesión no pudo participar en los encuentros.México resultó campeón del torneo y Orozco consiguió su tercer título de Copa Oro.
Jonathan Orozco en un entrenamiento con Monterrey.
