De su primer matrimonio, el rey tenía dos hijas, ya adultas, que habían sido educadas en la fe protestante.El príncipe fue criado en Francia, donde, reconocido por el rey Luis XIV como heredero legítimo de los tronos inglés y escocés, se hizo el foco para el movimiento Jacobita.Estuvo casado con la princesa polaca Clementina Sobieska (1702-1735), nieta del rey Juan III de Polonia.Jacobo Francisco Eduardo siguió defendiendo con ahínco la causa católica, contando incluso con el apoyo de varios protestantes.Su hijo Carlos fue llamado el Joven Pretendiente, y en 1743 Jacobo Francisco Eduardo le cedió la jefatura de la familia Estuardo, aunque sin renunciar a sus derechos dinásticos.
