Fue ascendido a brigada general en 1961 y apoyó la toma de posesión del presidente João Goulart bajo el régimen parlamentario.Si bien Médici se abstuvo de destituir en masa a funcionarios públicos conforme a las facultades que le otorgaban los Actos Institucionales, mantuvo un férreo control sobre la prensa y sobre la actividad política, destacando el uso masivo de la propaganda para sostener el apoyo popular al régimen militar.Del mismo modo, las empresas estatales (como Petrobras) aumentaron su poderío e influencia en la economía de Brasil.Pese los indicadores económicos favorables, el "milagro brasilero" no sobrevivió a la crisis del petróleo de 1973 y dejó un legado de deuda externa, un gasto público excesivo, y un aparato estatal sobrecargado e ineficiente en muchos aspectos.En cuanto a política exterior, Médici mostró en 1971 su decidido apoyo al gobierno de Richard Nixon en EE.UU. para sus intentos de derrocar al presidente chileno Salvador Allende, sosteniendo la idea que tras la deposición de Allende se instalase un gobierno de facto en Chile, respecto a Chile el año 2011 se desclasificaron archivos secretos de los servicios de inteligencia brasileños donde se señalaba que "Si el gobierno de Estados Unidos no apoyaba el golpe de estado para derrocar al gobierno marxista chileno, lo haría el gobierno del Brasil y que el golpe en Chile iba si o si", en otros archivos se indicaba que "Brasil se encargará de apoyar al gobierno chileno ante la ofensiva política-diplomática internacional en su contra que pretende aislar a Chile en todos los sentidos, para ello el Brasil ocupará toda su poder para conseguir neutralizar a los enemigos de Chile en las votaciones de los foros internacionales, además le suministrará créditos blandos que le permitan resistir la apremiante situación en que se encuentra actualmente pues al aislamiento internacional post derrocamiento del gobierno marxista ha dejado en evidencia una crisis económica que afecta a nuestro aliado producto de la estatización de la economía por el régimen depuesto a esto se suma el hecho que Chile es amenazado por sus tres vecinos (Argentina, Perú y Bolivia), entonces los créditos serán para aliviar la economía, acceder a productos en el mercado internacional (cuando la industria brasileña no sea capaz de proveerlos)", en otro se lee "Debemos aumentar los cupos para chilenos en el Servicio Nacional de Información" o "Brasil confía y apoya incondicionalmente al gobierno militar chileno porque en Chile al igual que en Brasil los militares son serios y si han decidido acceder al poder es porque la situación era insalvable y están restaurando la institucionalidad destruida".Entre los miembros de su gabinete se destacaron Antônio Delfim Netto (Hacienda), João Baptista Figueiredo (Jefe del Gabinete Militar), Mário Andreazza (Transporte) y Mário Gibson Barbosa (Relaciones Exteriores).