Se casa en 142 a. C. con su tío Ptolomeo VIII Evergetes II, el hermano y segundo esposo de su madre, con el que tiene cinco hijos: Ptolomeo IX Soter II Latiros, Ptolomeo X Alejandro, Trifena, Cleopatra IV y Cleopatra Selene I.
En 132 a. C., en un contexto de guerra civil que le enfrenta a su madre, Cleopatra II, Ptolomeo VIII mató a su hijo Ptolomeo Menfita, de 13 años.
Posteriormente, Cleopatra II se reconcilió con Cleopatra III y Ptolomeo VIII reinando conjuntamente hasta la muerte del último en año 116 a. C. Ptolomeo VIII Evergetes II Fiscon se casó con ella para intentar quitar el poder a Cleopatra II, tras haber asesinado a Ptolomeo VII Filopator.
Cuando Ptolomeo VIII murió, dejó el trono a Cleopatra y el hijo que ella decidiese.
Ella hubiera deseado dejar el trono a su hijo menor Ptolomeo X Alejandro I, pero los alejandrinos le obligaron a traer a Ptolomeo IX Latiros desde Chipre, donde era gobernador, para correinar, convirtiéndose en Ptolomeo IX.