Bonnet se apasiona por la reproducción de los áfidos y obtiene once generaciones sucesivas sin fecundación.
No pudiendo hacer uso del microscopio, se orienta hacia la biología teórica y compone varios escritos filosóficos, como el Ensayo de psicología (1754) o el Ensayo analítico sobre las facultades del alma (1760).
Esta teoría permitía explicar la aparición de los seres sin contradecir a la Biblia, pues todos los gérmenes habrían sido creados en el Génesis.
Su obra más ambiciosa es Palingénésie philosophique (1769), donde aúna conocimientos de todos los campos (geología, biología, psicología y metafísica).
De orientación leibniziana, defiende la inmortalidad del alma animal.