Flensburgo es la segunda ciudad alemana situada más al norte después de la vecina pequeña ciudad Glücksburg y está a 7 km de la frontera danesa.
Flensburgo se encuentra al norte del estado federal de Schleswig-Holstein en la costa del fiordo de Flensburgo, el llamado puerto, que desemboca en el Mar Báltico.
Las áreas urbanas están ubicadas en el lado oeste del fiordo, que se origina en Flensburgo, y en el lado este, que pertenece a la Península de Angeln.
El centro de la ciudad se encuentra en el valle del fiordo, los edificios más modernos se ubican en las laderas y los picos de las colinas del puerto circundante.
Lista Flensburgo aldeas vecinas en sentido horario (desde el noreste): Glücksburg, Peso, Maasbüll, Hyurup, Taastrup, Freienwill, Jarplund-Weding, Handewitt y Harrislee.