En 1993, Huntington encendió un importante debate sobre relaciones internacionales con la publicación del artículo titulado ¿El choque de civilizaciones?
Con frecuencia, a este artículo se lo compara con la visión expresada por Francis Fukuyama en El fin de la Historia y el último hombre.
Huntington también advierte que las naciones occidentales podrían perder su predominancia si fallan en reconocer la naturaleza de esta tensión latente.
La discusión se centra en la identidad nacional estadounidense y la posible amenaza que constituye la inmigración latinoamericana en gran escala que, según el autor, podría "dividir los Estados Unidos en dos pueblos, dos culturas y dos lenguajes."
[cita requerida] Fue corredactor del informe sobre "La Gobernabilidad de las Democracias", publicado en 1976 por la Comisión Trilateral.