Fue hecho prisionero por las fuerzas francesas al año siguiente, y tras su puesta en libertad en 1549 se exilió a Inglaterra.
Knox ayudó a escribir la nueva confesión de fe y el orden eclesiástico para la recién creada iglesia reformada, "la Kirk".
Primero se mudó a Inglaterra, donde en Bristol predicó contra la veneración de la Virgen María.
Knox estuvo presente la noche de la detención de Wishart y se preparó para seguirlo en cautiverio, pero Wishart lo convenció para que no tomara este curso diciendo: "No, regresa con tus hijos y que Dios te bendiga.
Fueron amenazados con torturar si no daban los signos apropiados de reverencia cuando se realizaba la misa en la nave.
Después de eso, según Knox, los prisioneros escoceses ya no se vieron obligados a realizar tales devociones.
Incluso en este estado, recordó Knox, su mente permaneció aguda y consoló a sus compañeros prisioneros con la esperanza de ser liberados.
Mientras los barcos yacían en alta mar entre San Andrews y Dundee, las agujas de la iglesia parroquial donde predicaba aparecieron a la vista.
James Balfour, compañero de prisión, le preguntó a Knox si reconocía el hito.
La Reforma en Inglaterra fue un movimiento menos radical que sus contrapartes continentales, pero hubo una brecha definitiva con Roma.
En el púlpito predicó doctrinas protestantes con gran efecto a medida que su congregación creció.
La sucesora de Edward, Mary Tudor, restableció el catolicismo romano en Inglaterra y restauró la misa en todas las iglesias.
Knox desembarcó en Dieppe, Francia, y continuó a Ginebra, donde Calvino había establecido su ministerio pastoral.
Recientemente el consejo de Ginebra había ejecutado por herejía al erudito Miguel Servet.
Calvino dio respuestas cautelosas y lo remitió al reformador suizo Heinrich Bullinger en Zúrich.
También atacó al Sacro Emperador Romano, Carlos V, llamándolo "no menos enemigo de Cristo que Nerón".
Sin embargo, los refugiados recién llegados recientemente, incluido Edmund Grindal, el futuro arzobispo de Canterbury, favorecieron una aplicación más estricta del libro.
Cuando Knox y su colega, William Whittingham, escribieron a Calvino para pedirle consejo, se les dijo que evitaran la discusión.
Al llamar "régimen" o regla de las mujeres "monstruosa", quiso decir que era "antinatural".
Ella prometió no enviar tropas francesas a Perth si los protestantes evacuaban la ciudad.
Los protestantes estuvieron de acuerdo, pero cuando la reina regente entró en Perth, ella se quedó con soldados escoceses en la nómina francesa.
Con los refuerzos protestantes que llegaban de los condados vecinos, la reina regente se retiró a Dunbar.
Su secretario, William Maitland de Lethington, desertó al lado protestante, trayendo sus habilidades administrativas.
Para la etapa final de la revolución, Maitland apeló al patriotismo escocés para luchar contra la dominación francesa.
Knox y otros cinco ministros fueron llamados a redactar una nueva confesión de fe.
El plan incluía un sistema de educación nacional basado en la universalidad como principio fundamental.
A pesar de su gesto amistoso, Knox respondió que él continuaría expresando sus convicciones en sus sermones y no la esperaría.
Cuando la Asamblea General se reunió en junio de 1564, estalló una discusión entre Knox y Maitland sobre la autoridad del gobierno civil.
Otros viejos amigos de Knox, Lord Argyll y William Kirkcaldy, estuvieron junto a María.
Durante este período Knox tronó contra ella en sus sermones, incluso hasta el punto de pedir su muerte.